На сегодняшний день существует два фундаментальных подхода относительно химического синтеза пептидов: синтез пептидов в растворе (жидкофазный синтез) и твердофазный пептидный синтез. Остальные методы синтеза – это их разновидности или занимают промежуточное место.

Жидкофазный синтез более предпочтителен при наработке несложных пептидов в больших количествах. Стоимость реагентов относительна невелика. Но процесс технически сложный и требует серьезного аппаратурного обеспечения. По времени синтез продолжительный. Требуется высококвалифицированный персонал. Себестоимость такого процесса относительна невысокая, но лишь при наработке больших количеств продукта.

Твердофазный синтез пригоден для получения длинных и сложных аминокислотных последовательностей в небольших количествах. Стоимость реагентов в этом случае более высокая. По времени синтез не такой продолжительный. Требования к персоналу не такие строгие. Не требуется сложной аппаратуры. Как правило, технический продукт (до стадии очистки) получается с минимальным количеством примесей.

Встречается, что из-за особенности структуры пептида, целесообразно часть пептида получить одним способом, вторую часть – другим, и затем, полученные фрагменты «сшить» между собой.

И так, при выборе метода синтеза, технолог взвешивает следующие параметры: длинна и сложность пептида, необходимая чистота, необходимое количество пептида, срок выполнения синтеза (производительность).